Wnn4.2とFreeWnn1.0の違いは、基本的に、GPLになっていることだけです。 しかし、FreeWnn1.0からFreeWnn1.1への変更は、サーバーがconfigure対応に なり、これまでに発表された多くのパッチがあたっています。
なお、開発の本拠地を2004年8月以降、http://freewnn.sourceforge.jp/に移行しておりますの で、新しい情報はそちらをご覧下さい。(2004.8.31 FreeWnn Project)